第一，整個培養過程中果蠅的生存空間不能有凝結的水滴存在，水滴會粘住果蠅翅膀而令其死亡。一旦發現，可以用消毒棉球將水滴吸干。

 

　　第二，培養基變形、發霉或者太干太濕時要及時更換。如果培養基中有幼蟲和蛹，羽化后就要立即轉瓶。

 

　　第三，培養基發霉是果蠅培養最易出現的問題，其原因是多方面的，要以預防為主。一旦發霉后，真菌孢子到處飛揚，就很難處理了。具體措施是：培養果蠅所用的器皿要嚴格消毒；培養基要加入適量的防霉劑，例如丙酸；接種過程盡量做到不交叉感染真菌孢子體；

 

　　分裝培養基后要趁熱塞好棉塞，防止培養瓶冷卻收縮倒吸受污染的空氣直接入內。如果培養基已經發霉，由于霉菌孢子漂浮于培養瓶的整個空間，包括果蠅身上，如將此果蠅接種到新的培養基中，大約經過4—5d，培養基將會重新長出霉菌來，遇到該問題，解決的方法有兩種：一是不再接種這種長霉菌的果蠅，重新接種未長霉的果蠅；二是采取措施殺死果蠅身上的霉菌孢子。殺霉菌方法為：將帶有霉菌孢子的成蠅倒入空培養瓶中，棉塞上倒適量的75％酒精，再將瓶口塞緊，利用酒精具有揮發性，揮發后的酒精充滿整個瓶內，從而將果蠅身上的霉孢子殺死。在操作上應注意兩點：一是倒在棉塞上的酒精量要適量，過多果蠅易醉昏，過少殺不死霉菌孢子；二是果蠅呆在空瓶內的時間要恰當，以2d為好。

 

　　第四，培養基一般每3周應更換一次。